科学と魔術を結集した人理継続保障機関「カルデア」は2017年で人類が消滅することを発見。その原因は、2004年、日本のとある地方都市、冬木市にあった。目が覚めるとカルデアにいた謎の少年、藤丸立香は、自分を「先輩」と呼ぶ少女マシュとともに、人類滅亡を阻止すべく、2004年の冬木市へ跳ぶ。
